发生胚胎停止发育通常与胚胎因素、母体因素、父亲因素及环境因素有关。胚胎本身的染色体无论在数目或者结构上存在异常，就会出现胚胎停止发育，而且发生的时间越早，胚胎染色体异常的情况就越高。其次，母体本身的一些因素，比如子宫存在先天的畸形，宫腔有粘连、子宫有肌瘤禁忌症，这些因素会导致胚胎着床的环境受到改变，影响他的着床和发育。还有母体本身的免疫因素，内分泌因素，比如黄体功能不全，多囊卵巢、甲状腺功能异常，孕妇在怀孕早期时接触了一些有毒有害的物质、放射性物质，父亲的精子染色体出现了异常，这些因素都会导致胚胎停止发育。