新生儿脑炎不一定有后遗症。

如果不是很严重通过积极的治疗，病情稳定以后尽早地进行体能和智能的康复训练，促进脑功能恢复，大部分是能够恢复正常的。如果孩子脑炎严重，有惊厥意识障碍，脑干症状持续时间比较长，头颅CT和脑电图持续异常，以后也是比较差的，幸存的孩子也常常会留有不同程度的运动和智力障碍，癫痫等后遗症，新生儿出生以后一定要加强护理，避免着凉感冒，避免接触感冒的人。