三岁的孩子如果发烧三十九摄氏度，首先要给宝宝口服退烧药降温，可以吃布洛芬或者是对乙酰氨基酚成分的退热药，这两种成分儿童使用都是非常安全。

一般来说，我们不建议用肛门注入的肛门栓，因为如果家长不能很好的掌握用药的方式，很容易不凑巧把肛门栓推入到粪便当中，那么就不能起到很好的退热效果。如果孩子实在口服药物有困难，也可以选择退烧栓，首选还是口服用药是相对比较好的，能够保证效果。吃完退烧药之后，还要给孩子配合物理降温，多喝热水，促进退热。