疱疹性咽峡炎可分为潜伏期、前驱期、水疱期、溃疡期四个阶段。

潜伏期，一般大概2到4天，前驱期不明显，疱疹性咽峡炎病原体为柯萨奇病毒A组，好发于夏秋季，起病急骤，临床表现为高热、咽痛、流涎、厌食、呕吐等。体格检查可发现咽部充血，在咽腭弓、软腭、腭垂的黏膜上可见多个2到4毫米大小灰白色的疱疹，周围有红晕。疱疹1到2日后破溃形成小溃疡。疱疹也可发生于口腔的其他部位。病程为一周左右。