临床上检查肛瘘最常见的方法就是肛周视诊和肛门指诊，通过视诊可以看看肛门口是否有外口，是否有脓液流出，通过指诊可以触摸肛周是否有瘘管的走向、肛内是否有肛瘘的内口，其次我们也可以通过探针来探察瘘管的走向，通过X光来看看瘘管的走行，最准确的检查肛瘘的方法是肛周磁共振，通过肛周磁共振可以很精确的看出肛瘘的走向，来对肛瘘的类型进行判别。