男人甲状腺结节的原因复杂，具体机制尚未彻底研究清楚。但是和以下一些原因有关：包括年龄、性别、遗传、自身免疫状态、碘的摄入量、电离辐射等。

相对来讲，男性甲状腺结节要比女性少，年龄的增加会导致甲状腺结节的发病率增加。多种基因参与甲状腺结节的发生，譬如80%的甲状腺乳头状癌会出现基因突变。桥本氏甲状腺炎、GRESS病等这些自身免疫性甲状腺疾病也可以导致甲状腺结节。缺点可以引起结节性甲状腺肿。

电离辐射，尤其是幼年时接受过放疗的，会增加患甲状腺癌的风险，甲状腺癌也会形成结节。