在坐下来时出现肛门疼痛，可能有以下几个方面的原因：

第一，血栓性外痔。当排便时用劲或者剧烈运动或者搬重物时，容易导致肛周皮下血管的压力增高，这时候就容易导致血管过度扩张，出现破裂形成血栓性外痔。血栓性外痔表现为患者可感觉到自己的肛门口有突出的肿块，这个肿块是暗紫色的，呈椭圆形或者圆形。患者会感到在排便、坐、走路或者咳嗽的时候有明显的疼痛感，甚至感到坐立不安，及时予以血栓剥离切除，症状可很快缓解。

第二，尾骨痛。患者往往表现为在坐位时需要前倾身体，以减轻对尾骨的压迫，进而减轻疼痛。引起尾骨痛的原因可能是久坐或者坐姿不良导致尾骨周围软组织发生慢性无菌性炎症，刺激神经引起尾骨周围胀痛。也可能是臀部坐地跌倒后导致尾骨周围软组织损伤或者骨裂伤，引起局部疼痛。也有可能是尾骨发生退变，导致骨质增生，进而刺激压迫周围组织引起酸胀疼痛。

其他一些原因，比如肛周脓肿、肛门骶尾部肿瘤也可导致患者在坐位时肛门出现疼痛，甚至神经官能症患者也可出现肛门疼痛。

因此来说，病种很多，需要到医院及时检查，明确诊断，并进行相关治疗。