胚胎停育一般是胚胎本身发育不好所引起的。

如果有条件可以做胚胎的染色体检查，会发现大多数染色体有异常。因此，会出现胚胎停育也是自然淘汰的生理现象。如果出现多次胚胎停育，有可能产妇由内分泌或免疫方面异常，比如常见的是抗磷脂综合症。

产妇可能在母胎界面形成小的微血栓，在怀孕后子宫动脉血流下降，阻力升高，导致胚胎停育或者在妊娠晚期出现妊娠期高血压疾病、早产、胎儿生长受限等。因此，需要在妊娠早期应用低分子肝素进行改善血流的治疗。