婴儿发烧39摄氏度，一般不会烧坏脑子的，如果孩子体温过高，持续41摄氏度以上时间长有可能会对脑细胞造成损伤。

孩子得了脑炎，脑膜炎等导致留下一些后遗症，不是发烧本身造成的，发烧本身不是病，是机体对某些疾病的反应，孩子小神经系统发育不健全，高烧的时候容易引起神经系统兴奋，严重时会导致高热惊厥，会引起脑细胞损伤，以后还有可能会诱发癫痫，孩子发烧39摄氏度，需要及时用退烧药降温并做好病因治疗，避免长期发热，以免影响脑神经。