肛瘘手术过程时间多久并不是绝对的。如果是简单的肛瘘，大概半个小时左右。如果是特别复杂的肛瘘，可能会时间更久，甚至几个小时都是有可能的。

因为肛瘘手术的时间长短主要根据疾病的严重程度。越简单的肛瘘手术时间越快，越复杂的肛瘘或者高位肛瘘，时间就会更长一些。对于肛瘘的治疗，如果想彻底治愈，是需要手术治疗的。手术将肛门瘘管切除或者切开，留下新鲜的创面，再慢慢地恢复愈合。用药等保守治疗的办法不能够彻底治愈，只能够缓解症状。所以有肛瘘的话，需要手术才能彻底治愈的。