小儿的手足口病属于肠道病毒感染，在感染肠道病毒之后，一般会有三到七天的潜伏期，在这期间通常不会有任何症状，但是体内的病毒会进行大量的复制。在疾病的前期，也就是发病初期，症状也可以不明显，只是出现发热、咳嗽、头痛、食欲不好等症状，没有办法与普通的感冒相鉴别。在症状明显期，通常是在类似感冒的前期，症状后的当天或第二天会出现皮疹。典型的皮疹主要散发在手心、足心、口腔黏膜以及肛周，少数也可以发生四肢和臀部及躯干部的皮疹，皮疹并且是粟粒样的斑丘疹或水泡，周围有红晕。

随着病情的发展，可以出现类似咽腔炎的症状，硬软腭、舌尖、舌侧、两颊，粘膜可以陆续出现散在的白色水泡，水泡破溃成小溃疡之后可以有疼痛感，影响进食。