胚胎早期的子宫内感染缺血等原因，可使大脑前部发育失常而发生胼胝体缺失，晚期病变可使胼胝体压部发育不良。

通常首先累及体部和膝部，也可同时累及膝部和压部，但单独累及膝部的情况比较少，仅见于前脑无裂畸形。

胼胝体发育不良的原因也包括下列这些因素：一. 毒性、代谢性因素，如怀孕时，母体酒精中毒或糖尿病，胎儿本身患某些代谢性疾病。二. 染色体异常，常见的是三染色体8或三染色体18。三. 基因异常或某些特殊症候群会以显性遗传、隐性遗传或性联遗传的方式遗传而来。四. 怀孕初期，胎儿的脑部受到感染。