巧克力囊肿会腰疼。肚子疼的巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，因为到卵巢了，就叫巧克力囊肿。但是一般伴有盆腔粘连，盆腔炎会有子宫内膜异位症，所以就会出现腰疼，肚子疼的现象。

这个是良性疾病，但是不好治愈。很多人会很痛苦，像痛经严重，盆腔触痛，同房也会有疼痛等等。可以在年轻的时候，口服短效避孕药，或者是宫内放置曼月乐这些症状会有缓解。如果巧克力囊肿较大的，建议做手术治疗，手术剥除囊肿之后继续使用药物抑制其复发，这样会能减轻疼痛的症状。巧克力囊肿较大的，一旦发生破裂，也容易形成盆腔种植，所以建议手术。