指检肛门疼不疼要根据疾病而定，一般而言痔疮、乳头瘤、直肠脱垂等肛周疾病，进行指检时不会产生太大的痛苦，或者仅仅是轻微的胀痛感。对于肛周急性炎症性疾病，比如肛周脓肿、肛瘘、肛裂等疾病进行指检时，肛门会有强烈的疼痛感觉。肛门指检时动作要轻柔、仔细、避免暴力操作，造成肛门括约肌受到刺激而产生痉挛性疼痛，既影响了检查的效果，又给患者带来痛苦。