婴儿尿道下裂主要由以下几方面引起。

首先，胚胎学因素，尿道下裂是胚胎期外生殖器发育异常所致，在胚胎期，由于内分泌的异常或其他原因导致尿道口融合不全时，既形成尿道下裂，由于尿道远端的形成处于最后阶段，所以尿道口位于阴茎远端的尿道下裂占比例最大。

其次，基因遗传因素，尿道下裂的发病有明显的家族倾向，本病为多种基因遗传，但具体因素尚不十分清楚。

最后是内分泌因素，从胎睾产生的激素影响男性外生殖器的形成，由于绒毛膜促性腺激素刺激睾丸间质细胞，在孕期第八周开始产生睾酮，若睾酮产生不足或睾酮转化为双氢睾酮的过程中出现异常，均可导致生殖器畸形。