睡觉起来后脑勺会痛，有些是由于自身的睡眠问题，当睡眠不足或睡眠过多时，或者由于室内的空气不流通等，都有可能会造成头痛。

一般后脑勺疼痛还可能见于枕神经痛，这些和一些炎症感染因素有关，包括一些感冒等因素。

而一些有颈椎病等颈椎疾患的人群，可以造成枕神经痛，累及后脑勺区域头痛。

当睡眠时有枕头不当、后枕部受寒着凉等因素影响时，可能加重颈椎疾患的症状，在睡醒后有后脑勺区域的疼痛表现，要注意留意是否有上述提到的一些原因。

也有少数情况是见于脑部的疾患，如突发的蛛网膜下腔出血、脑炎等情况，还需要结合进一步的查体，必要时完善辅助检查去帮助判断。