造成自然流产的原因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

如果孕妇受到强烈的应激以及生活中有不良的生活习惯，包括吸烟，酗酒等等。还有在妊娠期接触过多的放射线以及有毒有害的化学物质都会造成自然流产。母体有全身性疾病，包括严重的感染，高热，贫血，心衰，一些慢性消耗性疾病。母体生殖器存在异常，如子宫畸形，合并子宫肌瘤，腺肌瘤等等，会影响胚胎的着床发育而导致流产。另外，内分泌异常以及免疫功能异常也会导致流产。再者，胚胎或者是胎儿染色体结构或数目存在异常，父亲精子的染色体存在异常，也会导致自然流产的发生。