有以下两方面最常见的原因：

第一，膝关节的各类骨性关节炎以及类风湿性关节炎等。当膝关节发生这些骨性关节炎或类风湿性关节炎时，就会引起睡觉起来后膝盖疼痛的症状。起身活动后膝盖疼痛，又逐渐的缓解。治疗上，通常选择保守治疗。

第二，膝关节内的半月板或者韧带损伤。当膝关节发生了半月板或韧带损伤的情况下，也会导致睡觉起来膝盖疼痛的症状。这时通过休息，膝关节损伤的局部，发生了炎性的改变，刺激，引起膝盖疼痛的症状。需要通过膝关节核磁共振检查而确诊。