根据新冠疫苗接种的基本原则，女性患有卵巢巧克力囊肿是可以接种疫苗的。

目前对于女性来说，妊娠期是禁止接种疫苗的。月经期，哺乳期，备孕期都不影响疫苗的接种。哺乳期接种疫苗之后是可以继续哺乳的。接种疫苗总的原则是不管是什么疾病，只要引起了发热表现，比如感冒正在发热，泌尿系统感染正在发热，都不能接种新冠疫苗。如果没有发热症状很轻微不影响生活，比如多数的感冒是可以接种新冠疫苗的。而那些不常有发热的急性疾病，一般可以通过症状的严重程度来判断是否可以接种疫苗。症状较重影响到正常生活工作，就不适合在此时接种新冠疫苗。