跑步的时候肩膀酸痛一般是因为跑步的时候前臂会自由摆动，引起肩膀过度活动，导致肩部肌肉的劳损。

一般来说，如果酸痛比较轻的话，我建议注意休息，避免过度活动，避免过度跑动。如果酸痛比较严重的话，我建议立即停止活动，停止运动，然后注意休息，休息的话可以是卧床休息也可以是躺着休息，然后充分的休息，才能够让肩部的肌肉得到放松和恢复，还可以口服一些活血化瘀的药物，比如说藤黄健骨片、独一味丸等等，还可以局部应用一些活血化瘀的膏药，比如说云南白药膏、消肿止痛膏等等，还可以做一些康复理疗的相关治疗，比如说针灸、推拿、按摩等等。