引起小孩子生殖器疼痛的原因，比较常见的有以下几种，

第一种，就是有可能为外伤所导致。出现这样的情况，应该询问患儿是否有外伤史，并且带他们及时到医院进行检查，检查生殖器局部是否有红肿及触痛。

第二种，就是有可能为感染所导致，这样的情况下，是需要完善尿常规检查的。对于一些小男孩来说，是需要检查是否有包皮或者包茎的。存在了感染，不仅要进行局部的清洗，口服消炎药进行治疗，对于有包皮或者包茎的，必要时，也是需要手术治疗的。