三岁的宝宝，如果半夜肚子疼，那么是考虑饮食不当，消化不良有关，要注意孩子有没有伴随发热的情况。如果没有发热的话，那么可以顺时针的帮孩子揉一揉肚子。也可以用脐贴，比如丁桂儿脐贴给宝宝贴也能缓解局部的症状。平时要注意控制饮食，睡前不要吃的过多。也要注意看孩子排便的情况。如果排稀便那么还可能跟胃肠道感染有关。如果孩子经常的肚子痛，那么可能会考虑肠痉挛或者是肠系膜淋巴结炎，具体还应该到医院就诊，明确具体的原因。