怀孕三个月胚胎停育要根据胚胎目前的大小来判断如何终止妊娠，如果怀孕的胚胎组织小于怀孕九周的可以做人工流产或者药物流产来终止妊娠。但是如果胚胎组织大于怀孕九周的，只能通过先口服药物，然后再做清宫，才能终止妊娠。因为怀孕九周以上是无法做无痛人工流产和普通人工流产的，所以应该先吃药是胚胎组织排出来，然后再轻微的清宫把胚胎停育之后坏死的子宫内膜组织清理干净，这样对女性子宫的损伤最小，也不容易导致以后月经不调和宫腔粘连，对以后再次怀孕是有好处的。