有部分扁桃体囊肿患者需要手术治疗，有部分患者可以保守治疗。

发病以后，建议到耳鼻喉科就诊，可以做喉镜检查，这样就有助于判断病情。如果扁桃体囊肿比较小，患者没有明显的症状，这种情况可以选择观察，需要定期复查对比病情的变化情况。如果囊肿比较大的，引起相关的症状，比如咽部异物感，或者是导致扁桃体反复发炎，这种情况就需要考虑做手术切除。大部分患者可以同时做扁桃体和囊肿切除手术，也有部分患者可以做单纯的囊肿切除，但是相对来说复发几率比较高。