跑步时膝盖疼，原因大致两方面，一个是生理反应、一个是病理的因素。

一、生理反应。如果不经常锻炼或者是突然增加运动量，跑步负荷过大、时间过长，可以引起关节的疼痛，这是因为运动量超过了关节的运动负荷。这种情况经过休息，局部的热敷、理疗等可以好转；

二、病理因素。就是膝关节本身出现了病理性改变，比如说膝关节骨性关节炎、半月板的损伤、慢性滑膜炎、韧带的损伤等都会引起跑步时膝盖的疼痛。如果是病理性因素引起，需要及时到医院骨科进行就诊，医生查体必要时行膝关节的X线片、CT或者磁共振检查，明确诊断并进行治疗。