造成胚胎停止发育的原因有很多种，包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。

胚胎因素主要指的是胎儿或者胚胎的染色体结构或者数目存在异常，这也是早期胚胎停止发育最常见的原因。另外父亲因素主要指的是精子染色体异常。环境因素是指在孕早期接触过多的放射线和一些有毒、有害的化学物质，而母体因素主要指的是母亲患有严重的全身性疾病，比如感染、高热、贫血、心衰、一些慢性消耗性疾病等等。还有就是母体的生殖器存在异常，如子宫的畸形、子宫肌瘤、腺肌病、宫腔粘连，这些异常可能会影响到胚胎的着床发育，而导致停止发育。另外，女性的内分泌异常以及免疫功能异常，或者受到强烈的应激刺激，以及不良生活习惯也会导致胎停育的发生。