口腔溃疡和疱疹性咽峡炎的主要区别在于发生的部位、发生的原因以及疾病的特点是不同的。

口腔溃疡发生在口腔，主要发生在面颊粘膜、唇部或者是舌部。而疱疹性咽峡炎主要发生在咽部和软腭。同时，口腔溃疡发生的原因主要是与遗传因素、维生素缺乏，以及磕碰或者咬伤等原因引起的。而疱疹性咽颊峡炎主要是由于柯萨奇病毒感染引起的。两者都属于自限性疾病，都是可以自行恢复，病程一般都在一周左右。口腔溃疡的特点主要是形成白色或黄色的皮损，周围有红晕，疼痛感比较明显。而疱疹性咽峡炎，首先，在咽部或者软腭出现数个或数十个小红点，然后逐渐转变成白色的小水泡，水泡再逐渐破溃形成溃疡。形成溃疡后，也会伴有疼痛。同时，疱疹性咽峡炎也容易伴有发热。这与口腔溃疡是有所不同的。