儿童身高矮小去医院可以去儿童保健科，或者是生长发育门诊，有的医院具体到儿童内分泌科都是可以就诊的。

因为导致身材矮小的原因有很多，可能是营养的问题，也可能是内分泌遗传代谢的问题。需要专业的医生进行评估检查，看看孩子是否属于正常的偏矮还是疾病的偏矮。如果他的身高矮小不是特别的明显，这时候可能是与生活习惯、营养等有关造成的营养不良、睡眠运动不好，可能都会影响他的身高，如果是营养不良可以去咨询营养科。