小的卵巢巧克力囊肿，也可能会影响怀孕。卵巢巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症患者中不孕率高达40%，引起不孕的原因复杂，比如盆腔微环境改变，影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常，导致排卵障碍和黄体形成不良等。

此外，未破裂卵泡黄素化综合症在内异症患者中具有较高的发病率。中重度患者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。所以对于合并不孕或卵巢巧囊，尤其巧囊直径大于等于四厘米时，首选手术治疗。