大便时出现肚子疼、肛门疼的情况最常见的就是由于肠道感染，出现腹泻，而腹泻时大便次数增多，会出现肛门部疼痛的情况。

另外，便秘时大便不易解出也会出现肚子疼并且肛门疼痛。所以明确诊断首先要去医院进行肛门指诊，来明确肛门以及直肠中下段相关病变。如果腹痛反复发作，还可以进行肠镜检查来明确是否有肠道相关器质性的病变。只有先明确诊断，才能做到更加精确的治疗。