男性内裤有发黄的分泌物，首先，要考虑是尿路感染导致，其次，要考虑是性传播疾病。

如果是尿路感染，主要的原因就是细菌感染。比如大肠细菌逆行进入尿道，出现急性膀胱炎，急性尿道炎，导致出现脓尿以及分泌物，同时，还会伴有尿频、尿急、尿痛等症状，可以查尿常规和培养，明确诊断，服用消炎药进行治疗。常用的药物有左氧氟沙星、头孢克肟、头孢地尼，要多喝水，勤排尿。

第二种情况就是性传播疾病，比如支原体、衣原体以及淋病感染，会导致尿道出脓尿。需要查分泌物的涂片和培养，根据结果进行用药。