对于比较大的乳腺囊肿或者是症状比较明显可以进行药物治疗，穿刺抽吸，手术治疗等等。

药物治疗主要针对的是疼痛比较严重的，使用对乙酰氨基酚，布洛芬起到止痛的作用。还可以通过药物调节体内激素水平，口服避孕药调节月经周期可能有助于减少复发。

绝经后妇女使用激素治疗可有助于预防乳腺囊肿，手术治疗如果乳腺囊肿经过多次抽吸历经了多个月经周期，仍然存在甚至体积有所增大，可考虑手术切除。乳腺囊肿抽吸液为血性或可能存在癌变风险则需要进行手术治疗。此外还有真空辅助乳腺微创旋切术。