导致妊娠早期自然流产的原因有很多，包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

胚胎因素主要是指胚胎或者胎儿染色体异常，这也是早期流产最常见的原因，主要是指染色体结构和数目存在异常。母体因素是指母亲患有严重的全身性疾病，母亲的生殖器存在异常，内分泌功能以及免疫功能存在异常。受到了强烈的应激刺激，以及存在不良生活习惯，如过量吸烟、酗酒、饮用咖啡等等。父亲的精子染色体存在异常，也会导致流产。母亲在妊娠早期时接触过多的放射线，有毒、有害的化学物质，也会引起自然流产的发生。早期自然流产，胚胎都在排出前已经死亡，多伴有底蜕膜出血、周边组织坏死、胚胎绒毛分离。