导致胚胎停育的原因很多也非常的复杂，主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素等等，其中最常见的为胚胎因素和母体的因素，在胚胎因素中，胚胎或胎儿染色体的异常是最主要的原因，大约占到早期胚胎停育的50%到60%。其中，以染色体数目异常最多，常见的有18三体，21三体等等。母亲的因素主要包括母亲的全身疾病，生殖器官异常，内分泌异常以及免疫功能异常等等。如果出现了胚胎停育，那么一定要尽量查找到导致胎停育的病因，根据病因给予对症治疗，但是有一部分胎停育是不明原因的。