肝肾囊肿的最好的治疗方法，如果是肝囊肿体积过大，是压迫肝脏的实质，肝胆外科通常会进行肝囊肿的穿刺，并在囊腔内注入无水酒精，破坏这个囊肿的囊壁，以防止肝囊肿的再次发生。

肾囊肿的最好的治疗方法，是通过腹腔镜手术，将囊肿的囊壁完整的切除，这样才会防止肾囊肿的复发。肝囊肿也好，肾囊肿也好，它都是一种良性的病变，它的生长速度也是非常非常的慢，而且患者本身，也不会有明显的临床症状，早期，也不用特殊处理。以肾囊肿为举例的，只有肾囊肿体积达到五厘米以上时，才建议通过手术治疗。