甲状腺病毒感染的确切病因目前尚不清楚，病毒感染是其主要原因，多继发于上呼吸道感染、流行性感冒、病毒性流行性腮腺炎之后。

流行性腮腺炎流行季节，往往稳定患者增多，换本病的同时，患者可同时发生腮腺炎、睾丸炎等。其他如风湿热、某种链球菌感染、甲状腺外伤、甲状腺放射性损害，某种过敏或免疫反应也可能为致病原因。甲状腺病毒感染的早期治疗，以减轻炎症反应及缓解疼痛为目的，轻症可用阿司匹林以及非甾体消炎药。