临床上慢性萎缩性胃炎主要分为非化生性萎缩和化生性萎缩。

萎缩常伴有肠化生表现为胃固有腺体为长腺样腺体所代替，粘液染色，可将肠化生分成小肠型和大肠型，既完全型和不完全型。

慢性胃炎的进一步发展胃上皮或化生的肠上皮在再生过程中发生发育异常形成异形增生表现为细胞异形性和腺体结构的紊乱。异型增生是胃癌的癌前病变，由于大多数的慢性胃炎由幽门螺杆菌感染引起，因此病理组织学检查多可发现幽门螺杆菌，幽门螺杆菌主要见于粘液层和胃粘膜上表皮表面。