胎停的病因包括胚胎因素，母体因素，父亲因素和环境因素。

胚胎因素是胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因。母体因素有全身性疾病，孕妇患严重的感染、高热、慢性肝肾疾病和高血压等有可能导致流产。生殖器官异常、子宫畸形、内分泌异常、女性内分泌功能异常、甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不良、强烈的应激与不良习惯、父亲染色体异常可导致自然流产、精子畸形也可以导致；环境因素，过多的接触放射线和毒物可能引起流产。