泌尿系感染不同年龄有不同的表现，新生儿临床症状不典型，多以全身症状为主，比如发热或体温不升、面色苍白、吃奶差、呕吐、腹泻等，有许多孩子还会出现生长发育停滞、体重增长缓慢，或者是不增。伴有黄疸的孩子也是比较多见，部分孩子可有嗜睡、烦躁，甚至惊厥等神经系统症状。

新生儿泌尿系感染常伴有败血症，婴幼儿临床症状也不典型，常以发热最突出，拒食、呕吐、腹泻也是全身症状比较明显，排尿刺激症也不明显，年长儿主要是以发热、寒战、腹痛等全身症状突出。同时还会出现尿路刺激症状，孩子可有尿频、尿急、尿痛、尿液混浊，偶见右眼血尿。