轻微的毛囊炎通常会自行消退，尤其是个数少的细菌性毛囊炎，一般只需要观察，慢慢消退，就问题不大。

严重的毛囊炎往往需要使用药物进行治疗，针对细菌感染引起的毛囊炎常用的外用抗生素有莫匹罗星软膏、夫西地酸软膏、复方多粘菌素b软膏、克林霉素凝胶等；针对真菌感染引起的毛囊炎常用的外用抗真菌药物有酮康唑乳膏、益康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等。如果病情比较严重，例如有发烧、扩散、肿痛明显等，可以口服药物治疗。如果毛囊炎发展为更大的疖或痈，需要手术切开排脓治疗。