高烧过后头疼的厉害的原因可能是患者发生了以下几种疾病：

首先要考虑的就是患者可能存在鼻窦炎。如果患者的高烧是由于上呼吸道感染引起来的。这种情况下就有可能诱发患者出现鼻窦炎。当高烧过后鼻窦炎急性发作，患者就能够表现为非常剧烈的头痛症状。其次要考虑的就是患者发生了偏头痛。感染是引起偏头痛非常常见的一个原因。因此，在高烧过后非常容易导致患者发生偏头痛急性发作。此时就能够出现头疼的非常厉害。第三，要警惕的就是患者出现了颅内感染。这种情况下，也可出现高烧过后头疼的厉害。