卵巢巧克力囊肿术后是有一定的复发可能的。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，治疗方法分为药物治疗以及手术治疗。手术治疗的目的是切除病灶，恢复解剖结构，适用于药物治疗后症状不缓解，局部病变加重或生育功能未恢复者。有较大的卵巢内膜异位囊肿者，首选的是腹腔镜手术，少数分为保留生育功能手术。其中指的是切除或破坏所有可见的异位内膜病灶，分离粘连，恢复正常的解剖结构，但是要保留子宫，保留一侧或者双侧卵巢，至少要保留部分的卵巢组织这种。手术复发率相对来说比较高，所以术后需要尽早的妊娠或者使用药物来减少复发，而保留卵巢功能的手术也会有复发的可能性。而根治性的手术是指将子宫双附件儿及盆腔内所有全部的手术是指将子宫双附件儿及盆腔内所有全部切除手术手术是指将子宫双附件儿及盆腔内所有全部手术。