肛门指检很疼，常见的原因为肛门或是直肠发生感染的可能性较大。

肛门的感染多为肛窦或是肛腺、肛乳头受到不良的刺激，如稀便、刺激性食物、体质异常等原因，而并发细菌感染的发生。一般分急性感染和慢性感染，急性感染期可予以坐浴熏洗、肛门内塞入消炎止痛栓剂及口服抗生素进行治疗。慢性感染期可并发肛乳头瘤、肛窦炎性结节、肛瘘则需要手术治疗。直肠炎一般表现为里急后重，总有排便感等直肠刺激症状，可以口服药物及药物灌肠治疗。再有一种情况是肛门直肠脓肿，一旦确诊则需手术治疗。