宫颈腺囊肿绝大多数情况下是宫颈的生理性变化，很少发生恶变。

宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。宫颈局部损伤和宫颈慢性炎症使腺管口狭窄也可导致宫颈腺囊肿形成。镜下见囊壁被覆单层扁平、立方或柱状上皮，浅部的宫颈腺囊肿检查见宫颈表面突出单个和多个青白色小囊泡。宫颈腺囊肿通常不需处理，但深部的宫颈线囊肿宫颈表面无异常，表现为宫颈肥大，应与宫颈癌相鉴别。