1.感染。肛瘘感染后肛门疼痛明显，溃破时脓液污染内裤，刺激肛周局部皮肤，使肛门出现瘙痒症状。久而久之，可以使身体虚弱、精神不振、抗病能力下降、发作越发的频繁。

2.瘘管瘘口的增加。肛瘘不去治疗，多次反复发作，可以变为多发性、复杂性肛瘘。不但给治疗带来困难，而且也会影响到肛门的生理功能。

3.癌变的风险。肛瘘的多发性可以形成直肠阴道瘘、直肠膀胱瘘以及直肠尿道瘘，危及周围的脏器，并且多年未治或者误治的老肛瘘有癌变的风险。

4.肛门失禁。肛瘘不去治疗，对肛门括约肌造成严重的损伤，甚至可能造成肛门失禁。