大多数的胃肠炎不会引起发烧，但是少数胃肠炎可以引起低烧，甚至高烧。

例如常见的诺如病毒感染，或者是饮食不洁导致的急性胃肠炎发作，这些情况大多数是伴有发热。再例如感染性腹泻和中毒性菌痢的发作，都是伴有发热。还有一些疾病，本质并不是急性胃肠，但急性胃肠炎仅仅是其疾病的外在表现形式，这种情况就更需要注意了。例如常见的流行性出血热，它的早期表现就可以类似于急性胃肠炎，这种情况也会伴有低热，要仔细鉴别。