肛瘘手术是会留疤的。

因为肛瘘手术一般要将瘘管切除，或者切开，伤口是比较大的，所以只要有伤口慢慢愈合恢复后都会留下疤痕的。对于肛瘘手术后有一些是需要注意的，比如在饮食上要注意避免吃辛辣刺激性的食物，避免喝酒，要多喝水，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，避免大便干结。在药物方面可以肛门使用痔疮膏、痔疮栓等药物来对症治疗，促进伤口的愈合。还需要每天温水坐浴1到2次，每次5到10分钟，这样能够充分的清洗肛周，保持肛周清洁，有利于创面的恢复。对于肛瘘手术后，恢复的时间也是比较慢的。