发烧后咳嗽治疗最快的有效的办法是要查清其发烧的原因以及咳嗽的病情，才能更好地予以对症的处理。

例如感冒引起的感冒后咳嗽出现发烧时患者多需要口服复方氨酚烷胺片等感冒药，此种感冒后咳嗽可以口服复方甲氧那敏胶囊止咳、孟鲁司特钠来降低气道敏感度。

发烧后咳嗽还可以见于呼吸道感染的疾病，例如细菌性的急性支气管炎、肺炎等。

轻症病例可以口服头孢呋辛、左氧氟沙星等抗生素消炎，对部分感染严重的患者，例如细菌性的肺炎患者可以静脉滴注相应的抗生素消炎治疗，此时咳嗽患者可以口服复方甲氧那明胶囊、复方甘草片等止咳治疗。

对于肺结核的患者还需要口服抗结核药物。发烧后咳嗽多是由呼吸道感染性疾病引起，要早期针对性的治疗。