肛瘘微创手术的恢复时间随手术方法的不同是有差异的。

比如lift手术的完全恢复时间大约需要1~2个月；生物胶封堵术的恢复时间是11~23天，平均16.3天左右；视频辅助下肛瘘切除术的愈合时间是（38.33±7.68）天。对比传统的挂线治疗肛瘘微创手术的恢复时间并没有明显的优势。其主要的优势在于术后患者的痛苦较小或者采用了各种方法保护了肛门的括约肌。但是从复发率来看，生物胶封堵术的复发率是最高的，lift手术的复发率较低。视频辅助肛瘘切除术是一个很时新的手术方式，它需要接借助很昂贵的手术仪器，且对手术医生的要求很高，在国内开展的很少。总体而言在目前肛瘘lift手术的恢复时间、术后患者疼痛感受以及复发率都是可以接受的。