月经干净两天后同房又出血的原因，需要根据具体的情况来进行分析。

如果平时月经周期较短，经期较长，在月经干净两天后，极有可能是进入了排卵期。此时同房出血，有可能是正好碰上了排卵期出血。排卵期出血主要是由于排卵期体内激素发生改变，无法支撑子宫内膜而导致的少量出血。一般来说，出血量明显少于月经量，出血时间多在3到4天，最多不超过一周，也是属于正常的生理现象。但如果说除了月经干净两天后同房出血，还有其他时间出血，极有可能是宫颈出了问题，这时就需要及时的到医院进行相关检查，通过妇科检查、宫颈癌筛查等等，确诊具体的情况，再选择合适的治疗方案。